物理現象を記述した方程式のことです。 「支配方程式」と呼ばれることもあります。 非圧縮性流体であれば連続の式やナビエ・ストークス方程式、熱であればエネルギー保存式が基礎方程式にあたります。
「流体解析の基礎講座」第5章 熱流体解析の基礎 5.1 基礎方程式と離散化